经审理查明，2016年5月份被告人秦某在义县头台乡河夹心村南200米处其经营的祥硕养猪场内，雇佣被告人王某某、李某某二人在猪场院内房屋西北侧打井。在打井过程中三被告人发现疑似化石的起层石头，进而秦某为二被告人提供工具，指使其二人盗掘古生物化石。同年5月末被告人秦某将盗掘水井填平掩埋，并将挖出疑似化石的起层石头扔弃。
2016年5月24日14时30分义县公安局西山派出所接到义县国土资源局化石管理处工作人员翟光玉报案称，在巡查过程中发现有人盗挖化石，义县公安局西山派出所接警后立即赶赴现场，在义县头台满族乡河夹心村祥硕猪场附近将被告人王某某、李某某抓获。2016年7月21日义县公安局将被告人秦某列为网上逃犯，同年7月25日被告人秦某主动投案。
上述事实，有公诉机关提供且经庭审举证、质证的如下证据：
1、受案登记表、立案登记表、案件来源、抓捕经过证实，案件来源及侦破过程，被告人秦某、王某某、李某某到案情况；
2、证人翟光玉的证言证实，其是义县化石管理处的工作人员，2016年5月24日在工作巡查过程中，群众举报发现有人在义县头台乡河夹心村南头一养猪场院内盗挖古生物化石，其和同事李伟敲门不开，并且院内有狗，我们进不去。其通过门缝发现有盗挖化石的痕迹和工具，然后我们逐级向领导汇报并报警了，在这个过程中有两个人从院内翻墙逃跑后，被公安民警当场抓获的情况；
3、证人李伟的证言证实，其是义县国土资源局土地监察大队的工作人员，2016年5月24日下午1点多钟其和化石管理处翟光玉联合去执法，翟光玉是巡查化石，我是清查违章建筑。我们到头台乡河夹心村南头猪场时我们俩去敲门，当时出来一个人，当时没给我们开门。我们当时表明身份，然后那个人就回院了，说老板不在，院内有狗。我和翟光玉就把门推一条缝向猪场院内看，发现院有盗挖化石的痕迹和工具，然后我们就让开门，他们拒绝开门，然后我们就报警了，在等警察的过程中俩个人从猪场后院墙翻墙逃跑，后警察赶到时将俩个人抓获的情况；
4、证人阚青久的证言证实，我是义县古生物化石自然保护区管理处的负责人和管理处处长，秦某经营的祥硕养猪场位于义县古生物化石自然保护区实验区，保护区分为“核心区、缓冲区和实验区”，核心区、缓冲区不允许建任何生产设施，在实验区内不得建设污染环境、破坏资源或景观的生产设施，其他设施由环保和其他部门审批。义县古生物化石自然保护区是辽宁省人民政府审批的，义县古生物自然保护区管理处隶属县政府，由国土资源部门归口管理。对于锦州市国土资源局能否出具以经纬度形式来确定祥硕养猪场是否位于义县古生物化石保护区的证明，我去锦州市国土资源局咨询此证明，已被省人民政府划分出经纬度，保护区的管理由义县国土资源管理，祥硕养猪场位于古生物化石保护区的实验区。保护区的级别没有调整仍然是省级保护区，保护区范围在2011年1月为了锦承铁路而对核心区进行了调整，其他范围没有变化，祥硕养猪场的位置不在调整之内的情况；
5、证人袁维强的证言证实，我是破台子屯的农民，现在承包大凌河北岸的果园，以前祥硕养猪场使用过我承包果园里的水井，猪场老板是义县动检站的秦某。祥硕猪场在2014年春天开建时就使用我家果园的水井，一直到2016年春天水泵和抽水管才撤走。开始时秦某说用我家水井给我2000元钱，但一直没有给我的情况；
6、证人吴桂丰的证言证实，我平时打零工，会挖水井。现在挖水井都是先挖出一个直径1米2的井口，然后一直向下挖，一直挖到见水以后，就往井里下直径1米1的水泥圈，水泥圈从井底开始向上码，一直码到井口。原来挖水井，水井井口做到1米5，然后挖到水以后周围开始用石头往开口砌，一直砌到井口。我没听过水井里修建过水囊，水井增加储水量，那就是见水后往水下四周扩扩，修成井下是坛子型，在井下修坛子型储水区都是石头活，就用石头不需要木头。我没听说过增加储水量打横井的，要是打横井时间长了有可能塌的情况；
7、在逃人员登记表证实，被告人秦某在本案立案后逃跑，后于2016年7月25日主动投案的情况；
8、辽宁省人民政府关于建立义县古生物化石省级自然保护区的批复、义县古生物化石省级自然保护区原功能区划图证实，2002年12月7日经辽宁省人民政府批复，同意建立义县古生物化石省级自然保护区，保护区总面积238平方米，其中核心区70.6平方公里、缓冲区30.23平方公里、实验区137.17平方公里，主要保护对象为晚中生代热河生物群古生物化石及含化石地层，自然保护区管理机构由锦州市国土资源局归口管理的情况；
9、辽宁省人民政府关于调整义县古生物化石省级自然保护区功能区划的批复、辽宁省义县古生物化石省级自然保护区新功能区划图证实，2011年1月6日辽宁省人民政府批复，同意调整义县古生物化石省级自然保护区功能区划，自然保护区总面积为223平方公里，其中核心区70.6平方公里、缓冲区30.23平方公里、实验区137.17平方公里，同时要求不准在自然保护区核心区和缓冲区建设任何生产设施及开展旅游活动，在自然保护区实验区建设项目，要进行环境影响评价，依法履行审批程序的情况；
10、义县古生物化石自然保护区管理处出具的证明材料证实，义县头台乡河夹新村化石产地已发现受国家保护的三级以上动、植物化石，并列入国家对古生物化石重点保护管理范围之内，受到政府主管部门的重点监管，祥硕养猪场位于义县古生物化石自然保护区内的情况；
11、2016年10月25日义县公安局刑事侦查大队出具的情况说明证实，2016年5月24日14时50分义县公安局西山派出所民警在义县头台满族乡河夹心村祥硕养猪场附近将被告人王某某、李某某抓获，经讯问该二人对其盗挖化石的行为供认不讳。同日15时20分民警对涉案物品及现场进行提取、照相，因猪场大门紧锁，院内无人并有多条大型犬散放，由西山派出所所长李子森一人独自翻墙进入院内，并进入盗挖化石井内用手机对内部情况进行拍照。该局提供的两页井内概况照片等两页纸张均出自李子森手机的情况；
12、2016年10月25日义县公安局刑事侦查大队出具的情况说明证实，经对祥硕养猪场第一口水井进行测量，该井口宽1.365米、深为6.89米，出水量无法测量的情况；
13、2016年10月25日义县公安局刑事侦查大队出具的情况说明证实，因被告人秦某指使他人将化石井掩埋，导致办案侦查员未能及时对化石井数据进行测量，后将化石井回填的土进行清理（井内横井无法清理），经测量化石井深度为6.255米、井口1.26米、井底宽度1.01米、井内西侧横井深度0.4米、宽度0.4、井口0.64米，东侧横井宽度0.5米、东侧横井井口0.7米的情况；
14、2016年10月25日义县公安局刑事侦查大队出具的情况说明证实，经与锦州市国土资源局相关部门联系，义县化石保护区相关事宜由义县人民政府指定义县国土资源局具体实施的情况；
15、2016年11月14日义县公安局西山派出所李子森出具的情况说明证实，2016年5月24日下午，义县公安局西山派出所接到义县化石管理处阚青久处长报警称在义县头台乡河夹心路边一养猪场院内发现有人盗挖化石，我组织单位民警7人赶往祥硕养猪场，到达现场后义县化石管理处的同志在院外扒着院墙看到两个人刚从洞内出来，向南越墙跑了，我单位民警立即随后追赶，并将王某某、李某某抓获。因院内有几条大狗，勘查人员仅能在院墙上拍照，我从一侧绕到井口，并在井下对井下情况用手机进行拍照，并将照片交给调取的刑警同志的情况；
16、2016年11月16日义县公安局刑事侦查大队出具的办案说明证实，2016年5月24日该局在抓获被告人王某某、李某某后对祥硕猪场内盗掘现场的化石井方位及外貌已现场勘查拍照，在外提二人进行指认现场时该井已被秦某填平。秦某到案后，因案件需要对该井进行挖掘恢复工作，该井第一次组织挖掘时位置出现偏差，未能找到井底向东和向北的横井。在与2016年5月24日所勘查的照片仔细对比后，该局于2016年11月9日开始组织在距第一次挖掘的井北侧约60cm处进行重新挖掘，在2016年11月12日下午将原井恢复并对该井重新进行了勘验，勘查现场后组织三被告人对该现场进行了指认的情况；
17、2016年12月6日义县公安局西山派出所出具的现场勘查说明证实，2016年5月24日义县公安局西山派出所抓获两名盗挖化石的被告人王某某、李某某，立即将该案件移送义县公安局刑警大队，刑警大队支裕实、郭楠、齐树志会同派出所李子森、沈群力一同到义县头台乡河夹心村南秦某的养猪场对盗挖化石的现场进行勘察。院大门东侧一个盗挖化石的井口边有几件下井用的衣服，齐树志对现场进行了勘察，因院内有几条狗，仅李子森从院墙东侧移动到进口，并井下拍照，其他民警仅在院墙上进行勘察的情况；
18、2016年12月7日义县公安局刑侦大队齐树志出具的情况说明证实，2016年5月24日我接到刑侦大队技术中队副大队长指派，跟随刑侦大队教导员支裕实前去义县头台乡河夹心南祥硕养猪场勘查盗掘古脊椎动物化石案现场，同去的有西山派出所所长李子森、副所长沈群利、辅警聂浩及化石管理处两名工作人员。到达现场后，由于大门紧锁，攀上院墙见院内有好几条散放藏獒无法进入，我在围墙上对院内的化石井及概貌进行拍照后返回的情况；
19、2016年12月7日义县公安局刑侦大队支裕实出具的情况说明证实，2016年5月24日下午我接到西山派出所所长李子森报警称抓获两名正在盗掘古脊椎动物化石的犯罪嫌疑人，遂带领侦查员郭楠、技术员齐树志赶到西山派出所，后赶到祥硕养猪场进行现场勘查，当时院内无人，散放五、六条藏獒，无法进入院内，技术员对现场方位及挖掘化石井外观及遗弃的作案工具进行了勘查拍照。期间，西山派出所所长李子森从另一侧潜入院内下井一次，用手机对横井拍了几张照片的情况；
20、指认笔录、指认现场照片及情况说明证实，被告人王某某、李某某分别对盗掘古生物化石的现场照片包括井上照片、作案工具、竖井和井内横井照片等共五张进行指认，经李某某辨认照片指出照片中洞口就是两人作案挖的洞（竖井、横井）。经王某某辨认指出照片中洞口和工具为作案现场位置，竖井及横井照片为其盗掘化石所挖的情况；
21、现场勘查卷宗及笔录、现场勘查说明证实，被告人秦某对其于5月24日在头台乡河夹心村祥硕养猪场盗窃古脊椎动物化石的地点为养猪场大门内盗掘化石井位置、填埋后重新挖开的盗掘化石井、公安机关组织挖掘填埋后的化石井地点进行指认并拍照的情况；
22、户籍证明证实，被告人秦某、王某某、李某某的自然身份情况；
23、被告人秦某、王某某、李某某的供述与辩解证实，三被告人盗掘古生物化石的时间、地点、经过等情况，与庭审查明事实一致。
上述证据，具有合法性、客观性且与本案事实具有关联性，且证据间能够相互印证，可以作为定案的依据，本院予以确认。